Дипломная работа на тему: Проведение анализа районов локализации транскрибирующихся ДНК-транспозонов суперсемейства Tc1/mariner у байкальских сиговых рыб

План работы:

ВВЕДЕНИЕ 3
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 6
1.1. Мобильные элементы генома 6
1.1.1. Особенности мобильных элементов 6
1.1.2. Классификация мобильных элементов 8
1.1.3. Класс ДНК-транспозоны или классические транспозоны 9
1.1.4. Семейство Tc1/mariner 11
1.2. Роль ДНК-транспозонов в эволюции лососевых рыб 15
1.3. Семейство Сиговые 17
1.4. Транспозоны Tc1/mariner у семейства Сиговые 20
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 22
2.1. Объект исследования 22
2.2. Методы исследования 23
2.2.1. Особенности выращивания сиговых рыб в условиях аквакультуры 23
2.2.2. Выделение РНК из клеток сиговых рыб 24
2.2.3. Электрофоретическое разделение фрагментов нуклеиновых кислот в агарозном геле 26
2.2.4. Определение концентрации нуклеиновых кислот 26
2.2.5. Удаление геномной ДНК из препарата РНК и концентрирование проб 27
2.2.6. Синтез дц-кДНК 28
2.2.7. Дизайн геноспецифических праймеров 29
2.2.8. Гидролиз кДНК рестрикционными эндонуклеазами 31
2.2.9. Отжиг «подложки» и лигирование адаптеров 31
2.2.10. Достройка комплементарных цепей 32
2.2.11. Первый раунд «гнездовой» селективной супрессионной ПЦР на целевые транскрипты транспозонов 32
2.2.12. Второй раунд «гнездовой» селективной супрессионной ПЦР на целевые транскрипты транспозонов 33
2.2.13. Амплификация концевых фрагментов (RACE) целевых транскриптов транспозонов с кДНК-матрицы 33
2.2.14. Электроэлюция ДНК из агарозного геля 35
2.2.15. Молекулярное клонирование 36
2.2.16. Выделение плазмидной ДНК 37
2.2.17. Определение нуклеотидной последовательности вставок рекомбинантных клонов библиотек 37
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 38
3.1. Анализ с использованием селективной супрессионной ПЦР 38
3.2. Анализ с использованием step-out ПЦР + nested ПЦР (технология RACE) 44
ВЫВОДЫ 51
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 52