Дипломная работа на тему: Использование биоинформационных методов для последующего поиска и анализа CRISPR-Cas систем в геномах патогенных штаммов Clostridium botulinum и топирование фаговых рас, выявляемых через их CRISPR кассеты

План работы:

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ 3
ВВЕДЕНИЕ 4
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 7
1.1. Общая информация о Cl. botulinum 7
1.2. История изучения CRISPR- Cas систем 8
1.3. Механизм действия CRISPR-Cas систем 10
1.4. Классификация CRISPR-Cas систем 12
1.5. Системы CRISPR-Cas 1 класса 14
1.5.1. Система CRISPR-Cas типа I 14
1.5.2. Система CRISPR-Cas III типа 15
1.5.3. Система CRISPR-Cas IV типа 16
1.6. Система CRISPR-Cas 2 класса 17
1.6.1. Система CRISPR-Cas типа II 18
1.6.2. Система CRISPR-Cas типа V 19
1.6.3. Система CRISPR-Cas типа VI 19
1.7. Эволюция CRISPR-Cas систем 21
1.7.1. Происхождение эффекторного модуля 1 класса 21
1.7.2. Происхождение эффекторного модуля 2 класса 22
1.8. Практическое применение систем CRISPR-Cas 23
1.8.1. Применение систем CRISPR-Cas в роли генетических ножниц 24
1.8.2. Применение систем CRISPR-Cas в качестве фаговой терапии 24
1.9. Трудности работы с системой CRISPR-Cas 25
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 27
2.1. Объект исследования 27
2.2. Методы исследования 27
2.2.1. Идентификация cas-генов Cl. botulinum 27
2.2.2. Поиск и анализ CRISPR кассет Cl. botulinum 27
2.2.3. Поиск протоспейсеров фагов 28
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 30
3.1. Найденные CRISPR-Cas системы Cl. botulinum 30
3.2. CRISPR-кассеты Cl. botulinum 32
3.3. Обнаружение протоспейсеров фагов 34
ВЫВОДЫ 38
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 39
ПРИЛОЖЕНИЕ 46