Дипломная работа на тему: Контроль качества прочтений и фильтрации данных, полученных при высокопроизводительном секвенировании по технологии Illumina

План работы:

ВВЕДЕНИЕ 3
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 6
1.1. Метагеномный анализ 6
1.2. Секвенирование нового поколения (NGS) - Illumina 7
1.3. Сборка генома и метагенома de novo 9
1.4. Алгоритмы сборки генома 11
1.5. Алгоритм BLAST для поиска гомологичных последовательностей в разных наборах данных 12
1.6. Использование языка программирования R для статистического анализа больших массивов данных 14
1.7. Формат данных FASTQ и FASTA 15
1.8. Аннотация губки Lubomirskia baikalensis 16
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 17
2.1. Объекты исследования 17
2.2. Методы исследования 17
2.3. Контроль качества секвенирования и тримминг 18
2.4. Получение массива данных и их загрузка на сервер 19
2.5. Запуск SPAdes 20
2.6. Обратное картирование видов разных проб на данные метагеномной сборки 21
2.7. Кластерный анализ для сравнения проб (описание пакета, стандартизация данных, приведение и описание скрипта для R) 22
2.8. Первичная подготовка БД полных вирусных геномов 24
2.8.1. Создание БД вирусных геномов для BLASTn 24
2.8.2. Создание таблицы таксономии вирусов 24
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 26
3.1. Результаты качества прочтений после тримминга 26
3.2. Результаты сборки SPAdes и БД для программы blastn 28
3.3. Результаты обратного картирования ридов 29
3.4. Результат представленности скаффодов на кривой насыщений 30
3.5. Результаты кластерного анализа подсчета расстояний Euclidean и Jaccard 31
3.6. Таксономическая аннотация с помощью BLASTn 33
ВЫВОДЫ 37
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 38
ПРИЛОЖЕНИЕ 42