Дипломная работа на тему: Рекомбинация и эволюция одноцепочечных (+)РНК коронавирусов подрода Sarbecovirus рода Betacoronavirus

План работы:

ВВЕДЕНИЕ 4
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 8
1.1. Особенности рекомбинации у вирусов 8
1.1.1. Механизмы рекомбинации РНК-вирусов 12
1.1.2. Механизмы рекомбинации ДНК-вирусов 13
1.2. Характеристика вирусов подрода Sarbecovirus рода Betacoronavirus 16
1.2.1. Таксономия и классификация 16
1.2.2. Строение генома сарбековирусов 16
1.2.3. Рекомбинация у сарбековирусов 18
1.3. Методы детекции событий рекомбинации 20
1.3.1. RDP 20
1.3.2. GENECONV 22
1.3.3. BOOTSCAN 23
1.3.4. MAXCHI 24
1.3.5. CHIMAERA 24
1.3.6. 3SEQ 25
1.4. Имитационное моделирование 25
1.4.1. Имитационное моделирование дискретных событий 26
1.4.2. Имитационное моделирование непрерывных событий 27
1.4.3. Агентно-ориентированное имитационное моделирование 28
1.5. Проблемы имитационного моделирования 29
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 30
2.1. Объект исследования 30
2.2. Методы исследования 30
2.2.1. Реаннотация открытых рамок считывания 30
2.2.2. Извлечение общих рамок считывания 31
2.2.3. Выравнивание аминокислотных последовательностей, кодируемых общими рамками считывания 32
2.2.4. Выравнивание последовательностей общих рамок считывания с учетом позиции кодона 33
2.2.5. Поиск событий рекомбинации 33
2.2.6. Разработка алгоритма верификации событий рекомбинации 34
2.2.7. Анализ дат изоляции исследуемых штаммов 34
2.2.8. Разработка имитационной модели рекомбинации в гаплоидных геномах 35
2.2.9. Моделирование процессов рекомбинации при разных вероятностях мутации 35
2.2.10. Поиск событий рекомбинации в смоделированных данных 35
2.2.11. Верификация результатов поиска событий рекомбинации в смоделированных данных 36
2.2.12. Анализ результатов поиска событий рекомбинации в смоделированных данных 37
2.2.13. Сравнение результатов работы программы с модельными данными 37
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 38
3.1. Результаты поиска событий рекомбинации 38
3.2. Алгоритм верификации событий рекомбинации 38
3.3. Результаты верификации событий рекомбинации 41
3.4. Результаты анализа дат изоляции штаммов 44
3.5. Имитационная модель рекомбинации в гаплоидных геномах 45
3.6. Результаты моделирования процессов рекомбинации при разных значениях вероятности мутации 48
3.6.1. Влияние вероятности мутации на попарную дистанцию между донором и акцептором 48
3.6.2. Взаимосвязь вероятности рекомбинации и количества заполненных экологических ниш 52
3.6.3. Влияние вероятности мутации на количество детектируемых событий рекомбинации 53
3.6.4. Результаты сравнительного анализа 55
ВЫВОДЫ 58
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 59