Дипломная работа на тему: Биоинформационный анализ ампликоновых библиотек рибосомных генов для характеристики микробиома ротовой полости

План работы:

ВВЕДЕНИЕ 3
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 6
1.1. Секвенирование нового поколения 6
1.2. Метагеномика, метатаксономика и биоинформатика 9
1.3. Микробиом ротовой полости 11
1.4. База данных таксономий 13
1.5. Форматы файлов 14
1.6. QIIME2 17
1.7. PICRUSt2 20
1.8. Кластеризация последовательностей 21
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 23
2.1. Объекты исследования 23
2.2. Методы исследования 23
2.2.1. Импорт данных и получение первичного артефакта Qiime2 24
2.2.2. Соединение прямых и обратных ридов 25
2.2.3. Контроль качества секвенирования 25
2.2.4. Фильтрация ридов на основе качества секвенирования 26
2.2.5. Создание дерева для анализа филогенетического разнообразия 27
2.2.6. Анализ видового разнообразия сообществ 28
2.2.7. Таксономический анализ 29
2.2.8. Ординация PCoA 30
2.2.9. Кластеризация последовательностей в ОТЕ 30
2.2.10. Полный конвейер PICRUSt2 31
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 33
3.1. Краткая статистика секвенирования и метрик альфа-разнообразия 33
3.2. Альфа-разнообразие 35
3.3. Метрики бета-разнообразия 37
3.4. Ординация метрик бета-разнообразия 38
3.5. Структура бактериального сообщества 40
3.6. Функциональная аннотация 44
ВЫВОДЫ 46
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 47
ПРИЛОЖЕНИЕ 51