Дипломная работа на тему: Биоинформатический анализ CRISPR-Cas локусов в геномах плазмид Bacillus thuringiensis

План работы:

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ 3
ВВЕДЕНИЕ 4
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 7
1.1. CRISPR-Cas системы 7
1.2. Классификация CRISPR-Cas систем 7
1.2.1. CRISPR-Cas системы класса 1 7
1.2.2. CRISPR-Cas системы класса 2 8
1.3. Эволюция CRISPR-Cas систем 9
1.3.1. Происхождение модуля адаптации 10
1.3.2. Происхождение эффекторных модулей класса 1 11
1.3.3. Происхождение эффекторных модулей класса 2 12
1.4. Механизм действия CRISPR-Cas систем 13
1.4.1. Адаптация 14
1.4.2. Созревание crРНК 16
1.4.3. Интерференция 23
1.5. Краткая характеристика B. thuringiensis 24
1.6. CRISPR-Cas система B. thuringiensis 25
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 27
2.1. Объект исследования
2.2. Методы исследования 27
2.2.1. Идентификация cas-генов 27
2.2.2. Детекция и анализ CRISPR кассет 27
2.2.3. Поиск протоспейсеров фагов и плазмид 28
2.2.4. Аннотация генов, содержащих протоспейсер 29
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 30
3.1. Распространение и разнообразие CRISPR-cas локусов в плазмидах B. thuringiensis 30
3.2. Локусы CRISPR-cas подтипа I-C 32
3.3. Локусы CRISPR-cas подтипа IV-A 37
3.4. Поиск протоспейсеров фагов и плазмид 38
3.5. Гены, содержащие протоспейсеры 39
ВЫВОДЫ 41
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 42