Дипломная работа на тему: Биоинформационный поиск и анализ структур CRISPR-Cas систем и детектируемых ими фаговых рас в геномах пробиотических штаммов рода Lactobacillus с оценкой их видового разнообразия

План работы:

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ 3
ВВЕДЕНИЕ 4
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 6
1.1. Общая характеристика Lactobacillus 6
1.2. Общая характеристика CRISPR-Cas системы 9
1.3. Общая характеристика CRISPR-Cas системы у бактерий рода Lactobacillus, Limosilactobacillus и Lacticaseibacillus 17
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 23
2.1. Объект исследования 23
2.2. Методы исследования 23
2.2.1. Идентификация CRISPR кассет Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Limosilactobacillus fermentum, Lacticaseibacillus rhamnosus 23
2.2.2. Поиск кластера генов cas Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Limosilactobacillus fermentum, Lacticaseibacillus rhamnosus 24
2.2.3. Определение протоспейсеров 24
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 26
3.1. Обнаружение CRISPR-Cas систем 26
3.1.1. Найденные CRISPR-Cas системы Lactobacillus acidophilus 26
3.1.2. Найденные CRISPR-Cas системы Lactobacillus johnsonii 27
3.1.3. Найденные CRISPR-Cas системы Limosilactobacillus fermentum 28
3.1.4. Найденные CRISPR-Cas системы Lacticaseibacillus rhamnosus 30
3.2. Обнаружение протоспейсеров фагов 30
3.2.1. Обнаружение протоспейсеров фагов Lactobacillus acidophilus 30
3.2.2. Обнаружение протоспейсеров фагов Lactobacillus johnsonii 30
3.2.3. Обнаружение протоспейсеров фагов Limosilactobacillus fermentum 31
3.2.4. Обнаружение протоспейсеров фагов Lacticaseibacillus rhamnosus 32
3.3. Анализ общих фагов у исследуемых видов Lactobacillus acidophilus, L. johnsonii, Limosilactobacillus fermentum, Lacticaseibacillus rhamnosus 33
ВЫВОДЫ 35
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 36
ПРИЛОЖЕНИЕ 41